金蝶精斗云所得税核算的第一个难点是资产和负债计税基础的确定。资产、负债的账面价值与其计税基础存在差异的，应当按照会计准则的规定确认所产生的递延所得税资产或递延所得税负债。第二个难点是应纳税暂时性差异和可抵扣暂时性差异的确定和计算。存在应纳税暂时性差异或可抵扣暂时性差异的，应当按照规定确认递延所得税负债或递延所得税资产。第三个难点是资产负债表日，对于当期和以前期间形成的当期所得税负债（或资产）、递延所得税资产和递延所得税负债，都应当根据税法规定处理。与直接计入所有者权益的交易或者事项相关的当期所得税和递延所得税，应当计入所有者权益。
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