金蝶精斗云国税总局印发《增值税抵扣凭证协查管理办法》
为规范涉及增值税抵扣凭证（包括增值税专用发票、税务机关为小规模纳税人代开的增值税专用发票、公路内河货物运输业统一发票、废旧物资发票）税收违法案件的协查工作，提高案件协查质量，日前，国家税务总局对以往有关税收违法案件协查工作的规范性文件进行了修订和整合，制订了《增值税抵扣凭证协查管理办法》（国税发[2008]51号）。
《增值税抵扣凭证协查管理办法》共分为七章三十二条，并将自发布之日起施行。原《增值税专用发票协查管理办法》、《协查信息管理系统暂行管理办法》、《金税工程稽查部门岗位设置及职责（试行）》、《协查信息管理系统安装节点变更制度》、《金税工程协查信息管理系统机外工作规程》同时废止。
文件规定，协查工作由稽查局负责完成。协查工作应通过协查信息管理系统（以下简称协查系统）开展，配合寄送纸质证据材料。除另有规定外，委托方不得发纸质协查函，受托方收到纸质协查函应予退回。
除另有规定外，涉案发票的票面合计金额在1000万元以上不满5000万元的，由市（州）稽查局组织协查；票面合计金额在5000万元以上不满1亿元的，由省、直辖市、自治区和计划单列市（以下简称省）稽查局组织协查；票面合计金额在1亿元以上的，由国家税务总局稽查局组织协查。
票面合计金额未达到上级组织协查标准的，经上级稽查局审批同意，委托方可提请上级组织协查。国家税务总局稽查局组织查办或督办的重大案件，或有特殊要求的其他重大案件的协查，应由国家税务总局稽查局组织。省税务机关组织查办的案件需要发出委托协查，应由省稽查局组织。
文件明确规定，受托协查累计按期回复率应达到100%，通过协查系统考核。经国家税务总局稽查局同意延期的，按延长后的期限进行考核。
受托协查累计按期回复率＝累计按期回复发票份数/（累计按期回复发票份数+逾期发票份数）×100％。
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